Với hơn 100.000 nạn nhân Iran của các loại vũ khí hoá học của Iraq trong tám năm chiến tranh, Iran là một trong những quốc gia bị ảnh hưởng nặng nề nhất của "vũ khí huỷ diệt hàng loạt".[49]

Theo Tổ chức Cựu chiến binh Iran, ước tính chính thức không bao gồm dân thường bị nhiễm độc tại các thị trấn biên giới hay các con cái hoặc họ hàng của các cựu chiến binh, nhiều người trong số họ đã mắc phải các chứng bệnh về máu, phổi và da. Theo một bài viết năm 2002 trên tờ Star-Ledger:

"Khí độc thần kinh đã giết hại lập tức khoảng 20.000 binh sĩ Iran, theo các báo cáo chính thức. Trong số 90.000 người sống sót, khoảng 5,000 người cần được điều trị y tế thường xuyên và khoảng 1,000 người vẫn đang ở trong bệnh viện với các chứng bệnh kinh niên và nghiêm trọng."[50]

Iraq cũng đã sử dụng vũ khí hoá học tấn công các thường dân Iran, giết hại nhiều người tại các làng mạc và bệnh viện. Nhiều thường dân bị bỏng nặng hay gặp phải các vấn đề sức khoẻ và vẫn đang bị ảnh hưởng bởi chúng.[49]Hơn nữa, 308 tên lửa Iraq đã được phóng vào các khu dân cư bên trong các thành phố Iran từ năm 1980 tới năm 1988 gây ra 12.931 thương vong.[cần dẫn nguồn]

Ngày 21 tháng 3 năm 1986, Hội đồng Bảo an Liên hiệp quốc đã ra một tuyên bố nói rằng "các thành viên đặc biệt lo ngại về quyết định thống nhất của các chuyên gia rằng nhiều lần các loại vũ khí hoá học đã được các lực lượng của Iraq sử dụng chống lại binh lính Iran và các thành viên của Hội đồng mạnh mẽ lên án việc tiếp tục sử dụng vũ khí hoá học này, là sự vi phạm rõ ràng vào Hiệp ước Genève năm 1925 về cấm sử dụng vũ khí hoá học trong chiến tranh." Hoa Kỳ là thành viên duy nhất bỏ phiếu phản đối việc ra bản thông cáo này.[51]

Theo thiếu tá về hưu Walter Lang, sĩ quan tình báo cao cấp của Cơ quan Tình báo Quốc phòng Hoa Kỳ thời điểm đó, "việc sử dụng khí độc trên chiến trường của người Iraq không phải là một vấn đề quan tâm chiến lược" với Reagan và các trợ lý của ông, bởi họ "kiên quyết muốn được đảm bảo rằng Iraq sẽ không thua cuộc." Ông tuyên bố rằng Cơ quan Tình báo Quốc phòng "sẽ không bao giờ chấp nhận việc sử dụng các loại vũ khí hoá học chống lại dân thường, nhưng việc sử dụng nó để chống lại các mục tiêu quân sự được xem là không thể tránh khỏi trong cuộc đấu tranh để sinh tồn của Iraq",[52] Chính quyền Reagan không ngừng giúp đỡ Iraq sau khi nhận được các báo cáo về việc sử dụng khí độc với thường dân người Kurd.[53][54] Đây là một sự oán hận lớn tại Iran [cần dẫn nguồn] bởi cộng đồng quốc tế đã giúp Iraq phát triển kho vũ khí hoá học và các lực lượng vũ trang của họ, và thế giới đã không làm gì để trừng phạt chế độ đảng Ba'ath của Saddam vì đã sử dụng vũ khí hoá học chống lại Iran trong suốt cuộc chiến - đặc biệt bởi Hoa Kỳ và các cường quốc phương Tây khác nhanh chóng cảm thấy phải phản đối cuộc xâm lược của Iraq vào Kuwait và cuối cùng tiến hành xâm lược chính Iraq để lật đổ Saddam Hussein.

Cơ quan Tình báo Quốc phòng Hoa Kỳ cũng buộc tội Iran sử dụng vũ khí hoá học.[cần dẫn nguồn] Tuy nhiên, những cáo buộc này đã bị tranh cãi. Joost Hiltermann, nhà nghiên cứu chính của Human Rights Watch giai đoạn 1992–1994, đã kết luận trong một cuộc nghiên cứu kéo dài hai năm, gồm cả một cuộc điều tra hiện trường tại Iraq, có thu thập các tài liệu của chính phủ Iraq trong quá trình đó. Theo Hiltermann, các tài liệu trong Chiến tranh Iran–Iraq phản ánh một số cáo buộc về việc Iran sử dụng vũ khí hoá học, nhưng chúng "không có cơ sở bởi thiếu một minh chứng rõ ràng về thời gian và địa điểm, và không thể cung cấp bất kỳ một loại bằng chứng nào".[55]

Trong một cuốn sách xuất bản của Gary Sick và Laurence Potter, Hiltermann gọi những cáo buộc rằng cả Iran, chứ không phải chỉ riêng Iraq, sử dụng vũ khí hoá học là "những cáo buộc mơ hồ" và nói rằng: "không có bằng chứng thuyết phục về tuyên bố rằng Iran là thủ phạm chính [của việc sử dụng vũ khí hoá học] từng được đưa ra".[56] Cố vấn chính sách và tác gia Joseph Tragert cũng nói rằng: "Iran đã không trả đũa bằng các loại vũ khí hoá học, có lẽ bởi họ không sở hữu chúng ở thời điểm đó".[57]

Trong phiên toà tháng 12 năm 2006, Saddam Hussein nói ông chịu trách nhiệm "với danh dự" cho bất kỳ vụ tấn công nào vào Iran bằng vũ khí quy ước hay vũ khí hoá học trong cuộc chiến năm 1980–1988 nhưng không đồng ý với những cáo buộc ông đã ra lệnh các vụ tấn công vào người Iraq.[58] Một cuộc phân tích y tế về những hiệu ứng của mustard gas của Iraq đã được miêu tả trong một cuốn sách của quân đội Mỹ, và trái ngược, có những hiệu ứng hơi khác biệt trong Thế Chiến I.[59]